O Canhão da Nazaré, enquanto vale submarino de grandes dimensões não tem uma idade bem estabelecida. No entanto, tem sido defendida a sua associação genética à zona da falha da Nazaré, estrutura muito enraizada na costa terrestre e que se formou entre os 270 e os 305 milhões de anos.
Esta zona de fratura foi reativada durante as fases de abertura do Atlântico, pelo que se pode dizer que o Canhão submarino da Nazaré é um dos vales marinhos mais antigos da margem ibérica.
As rochas onde o Canhão se instalou
As paredes rochosas das vertentes do Canhão têm idades distintas, conforme a profundidade e a sua localização a norte ou a sul do eixo do canhão.
As camadas mais duras encontram-se preferencialmente na vertente sul, sendo constituídas por formações carbonatadas, dolomíticas e margosas de meso-cenozoico.
Origem e evolução
A origem do Canhão está associada a lineamentos geológicos profundos, reativados nas várias fases tectónicas. No entanto, a forte dinâmica oceânica e a interacção com os processos sedimentares costeiros e de plataforma, fazem com a evolução e a morfologia atual do canhão esteja forçosamente condicionada pelo trânsito sedimentar, em especial das suas vertentes e na cabeceira.